Όργανα Διοίκησης του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. Ιονίου Πανεπιστημίου είναι: 
α. το Συμβούλιο του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ.
β. ο Πρόεδρος του Συμβουλίου του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ.

Το Συμβούλιο του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. Ιονίου Πανεπιστημίου συγκροτείται με απόφαση της Συγκλήτου και αποτελείται από:
α. τον Πρόεδρο του Συμβουλίου του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ., 
β. τα μέλη του Συμβουλίου του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ.,
γ. τον Διευθυντή Επιμόρφωσης και Διά Βίου Μάθησης, χωρίς δικαίωμα ψήφου (με θητεία παράλληλη με αυτή του Συμβουλίου).

Σύμφωνα με 
- την απόφαση της 6ης Συνεδρίασης Συγκλήτου (Απόσπασμα πρακτικών 19/01/2023) και
- την απόφαση της 9ης Συνεδρίασης Συγκλήτου (Απόσπασμα πρακτικών 25/05/2023) 
το Συμβούλιο του Κ.Ε.ΔΙ.ΒΙ.Μ. Ιονίου Πανεπιστημίου συγκροτείται από:

τον Πρόεδρο Καθηγητή Εμμανουήλ Μάγκο, Αντιπρύτανη Έρευνας, Καινοτομίας και Διά Βίου Μάθησης

τα εξής Μέλη (ένας εκπρόσωπος κάθε Σχολής του Ιδρύματος)
Από την Σχολή Ανθρωπιστικών Επιστημών:

• Φώτιος Βασιλείου
  Επίκουρος Καθηγητής, τακτικό μέλος
• Πασχάλης Νικολάου
  Επίκουρος Καθηγητής, αναπληρωματικό μέλος

Από την Σχολή Μουσικής και Οπτικοακουστικών Τεχνών:

• Αγνή Παπαδοπούλου
  Επίκουρη Καθηγήτρια, τακτικό μέλος
• Δήμητρα Χρυσάνθη Ακογιούνογλου,
  Επίκουρη Καθηγήτρια, αναπληρωματικό μέλος

Από την Σχολή Επιστήμης της Πληροφορίας και Πληροφορικής:

• Γεώργιος Παπαιωάννου
  Αναπληρωτής Καθηγητής, τακτικό μέλος
• Αγησίλαος Κονιδάρης
  Αναπληρωτής Καθηγητής, αναπληρωματικό μέλος

Από την Σχολή Οικονομικών Επιστημών:

• Μιλτιάδης Μπότσης
  Επίκουρος Καθηγητής, τακτικό μέλος
• Ιωάννης Πούλιος
  Επίκουρος Καθηγητής, αναπληρωματικό μέλος.

Από την Σχολή Περιβάλλοντος:

• Παναγιώτης Κανδύλης
  Αναπληρωτής Καθηγητής, τακτικό μέλος
• Χρήστος Καρύδης
  Αναπληρωτής Καθηγητής, αναπληρωματικό μέλος

τον Διευθυντή Επιμόρφωσης και Διά Βίου Μάθησης Πέτρο Κωσταγιόλα, Αναπληρωτή Καθηγητή του Τμήματος Αρχειονομίας, Βιβλιοθηκονομίας και Μουσειολογίας.